EteRNA#
Ya últimamente nos encontramos con una gran cantidad de actividades, servicios y contenidos en internet. Ya somos parte de la red, así no estemos en su interior como sucede en la película TRON, pero si nos absorbe una parte considerable de nuestro tiempo.
Bajo este, no esta demás que ideemos estrategias para pasar el rato en él, de forma divertida y al mismo tiempo haciendo algo provechoso (aprendiendo). A principios de esta semana me encontré con EteRNA [1], un juego en línea ideado por investigadores Carnegie Mellon University y Stanford University.
Juego Eterna para diseño de ARN.#
EteRNA es un juego con fundamento científico, que cubre los principios de diseño de moléculas de ARN, y consiste en retos en los cuales se debe lograr estabilizar una determinada geometría de cadena de ARN con ciertas condiciones en la secuencia y los pares de nucleótidos que la formen.
Los puntajes asignados, o mas bien, el criterio de superación del reto es dado según si el diseño virtual de ARN del jugador podría ser obtenido en la vida real. Durante el juego, podemos notar algunos parámetros que se visualizan en la parte superior izquierda, que corresponde a la energía de la estructura y de los ciclos que esta presenta. Esta información, de naturaleza física nos puede ir dando idea que tan próximos estamos a nuestro objetivo (aunque su interpretación para llegar a la estructura no es trivial, y aun estoy en esas). Por el momento, solo les puedo decir, que acorde a la física, si el valor de energía es negativo nos encontramos con una estructura que con alta probabilidad es posible y ademas estable.
Pero el juego no para aquí, si amerita llamarse así a esto. Semanalmente, en las competencias de laboratorio, los que sean escogidos como mejores diseños serán llevados a síntesis en los laboratorios de bioquímica, con el fin de observar si dicha síntesis es posible. Así que de paso, no solo los participantes están jugando, compitiendo por ser el #1 en el ranking mundial, sino que también están haciendo ciencia, contribuyendo a los investigadores con posibles secuencias de ARN que puedan ser estudiadas en el laboratorio (de ahí que la metodología de puntuación tenga la mayor rigurosidad posible). Los dejo para que participen un poco de esto, aquí.
Updated on 2020-10-10
Eterna se ha unido a la búsqueda de la vacuna contra la COVID-19, mediante la búsqueda por simulación de vacunas mRNA estables. El anuncio fue realizado el 18 de marzo de 2020, creando el reto OpenVaccine.